草食家畜(牛、羊、马、骡、驴、兔等)采食的草料除了要靠消化液作用外，还要靠胃肠道微生物作用才能被完全消化吸收。 众所周知，生物的胃肠道中存在非致病性细菌与致病性细菌两种，正常情况下两者互相制约，维持平衡。草食家畜口服抗生素后，其胃肠道内的非致病性敏感菌群受到抑制，致病性耐药菌群则乘机大量繁殖，从而引起肠炎、肺炎和败血症等疾病。所以，草食家畜在治病防病过程中一定要避免口服抗生素。
